En Suisse, 20% des personnes ne tolèrent pas le lactose. Cette intolérance est liée à la diminution d'une enzyme, la lactase, dans le tractus digestif. Les méthodes diagnostiques fiables sont le test respiratoire à l'hydrogène expiré et la détermination génétique.
La coeliakie ou intolérance au gluten est une réaction auto-immune au gluten contenu dans différents céréales. Environ 1% de la population Suisse en souffre. Dans ce cas l'apport en gluten mène à un endommagement de la muqueuse intestinale qui empêche la bonne absorption en nutriments.